Durant l'Antiquité, l'emplacement de l'actuelle préfecture accueillait le forum. Vers 800, les chanoines de la cathédrale Sainte-Croix cédèrent l'église qui occupait alors les lieux à des religieuses, qui en firent un établissement destiné à accueillir et éduquer les jeunes filles. Il fut ravagé lors des guerres de Religion.

En 1653, les bénédictins de la congrégation de Saint-Maur s'installèrent à Orléans et débutèrent la reconstruction, menée par les moines eux-mêmes, notamment les pères Grégoire et Pierre. En 1683, les bâtiments monastiques une fois achevés, les moines s'employèrent à bâtir leur nouvelle église. A la Révolution, le monastère de Bonne-Nouvelle fut déclaré bien national. Bonaparte y installa le premier préfet, Jean-Philibert Maret, en 1800. Afin d'accueillir l'administration, et durant tout le XIXe siècle, les bâtiments subirent de nombreuses modifications. L'église, située à l'emplacement des grilles actuelles, fut abattue et le bâtiment à droite de l'entrée (à l'ouest), donnant sur la rue de Bourgogne, fut construit, afin d'accueillir les services de police. Il est orné d'aigles au-dessus des fenêtres, symboles du second Empire. L'aile gauche (à l'est) fut prolongée vers le nord et le sud. Enfin, en 1861, une nouvelle façade ouvre de l'architecte François Pagot, fut construite quatre mètres au-devant de la façade principale.
Les aménagements des abords de la préfecture débutèrent au début du XIXe siècle avec l'élargissement de la rue Pothier. Son nom fut choisi afin de trancher la polémique opposant les partisans du maintien de l'ancien nom, rue de l'Ecrivinerie, aux préfets qui tentèrent de la faire rebaptiser rue de la Préfecture. Le maire de l'époque trouva une issue en imposant le nom de Pothier, juriste du XVIIIe siècle, habitant de la rue. Un projet de place publique, au-devant des grilles de la préfecture, avorta car il aurait entrainé la destruction de la salle des Thèses.